Der Handschriftenbestand ist geprägt von Gebrauchsmanuskripten: theologische und kanonistische Einzel- und Sammelhandschriften, liturgische Bücher, Predigt- und Legendensammlungen, Bibeln, aber auch von Codices mit römisch-rechtlichen, philosophischen, humanistischen, medizinischen und naturwissenschaftlichen Texten.
Neben originären Universitätsbeständen ist ein Großteil des Bestands als Säkularisationsgut – insbesondere aus den Klöstern der Region – und aus Gelehrtenbibliotheken im 19. Jahrhundert in unseren Besitz gekommen.